1993 yılında resmi gazete de yayınlanan Gümrük Müsteşarlığının Teşkilat Görev ve yetkileri başlığı altındaki kanun hükmündeki kararname de teşkilatın amacı aynen şöyle açıklanmaktadır:
Bu Kanun Hükmünde Kararnamenin amacı, gümrük ve gümrük muhafaza hizmetlerini düzenlemek ve yürütmek, kaçakçılık fiil ve teşebbüsleri ile mücadele etmek üzere, Başbakanlığa bağlı Gümrük Müsteşarlığının kurulmasına, teşkilat ve görevlerine ilişkin esasları düzenlemektir.Başbakan, bu teşkilatın yönetimi ile ilgili yetkilerini gerekli gördüğü takdirde Devlet Bakanı vasıtasıyla kullanabilir.
2. madde de ise görevleri 12 alt başlık altında incelenmektedir.

Gümrük Kanunu ve Açıklamaları

a) Gümrük Politikasının hazırlanmasına yardımcı olmak, gümrük politikasını uygulama

Gerek devlet içinde ki gerekse de özel sektörde ki bütün kuruluşların belirli bir amacı ve politikası varlıklarını sürdürmeleri için olmazsa olmazlardandır.  İşte bu nokta da mevzuatın belirlenmesinde dikkate alınması gereken hususları belirleme konusunda devlete yardımcı olmak müsteşarlığın ilk görevidir. Hazırlanan politikanın da tam manasıyla hayata geçirilmesi denetimi ve kontrolü Gümrük Müsteşarlığının sorumluluğundadır.

b) Gümrük Kanunu ve gümrüklerle ilgili diğer mevzuat ile uluslararası sözleşmeler hükümlerinin uygulanmasını sağlamak,
Ülkeler dış ticarette haliyle her zaman birbirleriyle ilişki içerisindedirler. Ve bu ilişki gereği taraf oldukları uluslar arası sözleşmelere uyma zorunlulukları vardır. Bu şartlar sağlandığında ise ticarete taraf olan ülkelerin kanun ve yönetmelikleri işin içine girer ki yine bunun da denetlenmesi müsteşarlığın görevidir.

c) Gümrük tarife oranlarının tesbitine yardımcı olmak, gümrük vergileri ile gümrüklerce alınan diğer gelirler ve fonların tarhı, tahakkuk ve tahsilini sağlamak ve kontrol etmek,
Maddenin daha iyi anlaşılabilmesi için öncelikle gümrük tarife oranının ne olduğunun bilinmesi gerekir. Gümrük tarifesi mallar bir ülkenin gümrüğünden geçerken tahsil edilen vergi oranlarıdır. Devletler dış ticarete müdahale etmek istedikleri zaman bu verginin dışında damping ve ötv gibi vergilerde koyarak ithalatı tabiri caizse zorlamaya çalışırlar. İşte bu ithalat işlemi sırasında alınan bütün bu vergilerin tahsili ve kontrolü de müsteşarlığın görevleri arasındadır.

d) Gümrük kontroluna tabi kişi eşya ve araçların muayene ve kontrolunu yapmak, bu işlemlerin etkin ve süratli yapılmasını sağlayacak tedbirleri almak,
Gümrüğe gelen her malın ülke içine alınması gibi bir durum söz konusu değildir. Her ülkenin kendi kanunlarıyla belirlediği belirli standartları ve yeri geldiğinde ithalatını yasakladığı mallar vardır. Ayrıca ithalatın devamlı gerçekleşen bir olay olduğu gerçeğini göz önüne aldığımızda gümrükler de gerçekleşen hizmetlerin uzun sürebilmesi ihtimalide vardır. İşte bu iki husus da ürünlerin kontrolü ve bu kontrol sürecinin hızlandırılması da müsteşarlığının bir görevidir.

e) Gümrüklerle ilgili istatistiki bilgileri toplamak ve değerlendirmek,
Gümrüklerin ülkeye giren yada ülkeden çıkan ürünlerin son durağı olduğunu söylemiştik.  Bu noktada karşımıza çıkan ithalat ve ihracat rakamlarının toplanıp değerlendirilmesi müsteşarlığın görevidir. Nitekim ülkeler için önemli bir ölçüt olan dış ticaret istatistikleri bu yolla belirlenmektedir.

f) Gümrük denetimine tabi eşya ve araçların muhafazasını sağlamak, gümrükte giriş ve çıkış işlemlerine tabi eşyanın, saptanmış olan norm ve standartlara uygunluğunu denetlemek,
Gümrüğe gelen bir ürünün hemen incelenmesi mümkün olmamaktadır. Belirli bir süre beklendikten sonra işlemlere geçilebilmektedir. İşte bu süre zarfı içerisinde eşyanın ve içinde bulunduğu aracın güvenliğini sağlamak gümrüğün görevidir. Denetimine sıra gelen üründe olması gereken standartları gösteren; menşei belgesi hıfzısıhha ve sağlık raporları, gibi belgeleri de gümrük kontrol etmektedir.

 g) Kara hudutlarındaki gümrük kapıları ile pasavan kapılarında, gümrük teşkilatı bulunan hava ve deniz limanlarında ve serbest bölge ve çeşitli antrepo ve iç gümrük sahalarında ve gümrük bölgelerinde gümrük muhafaza görevleri ile kaçakçılığın men, takip ve tahkik görevlerini yerine getirmek,
Kısacası ülkeye giren ya da ülkeden çıkan bir ürünün takibi ve bu işlem sırasında ortaya çıkabilecek kaçakcılığın önlenmesi yine gümrüğün görevidir.


h) Diğer yer ve sahalarda da gerektiğinde ilgili kuruluşlarla işbirliği yaparak kaçakçılığı men, takip ve tahkik etmek,

Kaçakcılık sadece gümrükte gerçekleşen bir olay değildir. Ülkenin her yerinde bir mal denetimden geçmeden kanunsuz ve uygun olmayan yollardan sınırların içerisine girmesi noktasında bilgisi olduğu durumlar da ilgili birimleri bilgilendirmekte müsteşarlığın görevleri arasındadır.

i) Milletlerarası kuruluşların Müsteşarlık hizmetlerine ilişkin çalışmalarını takip etmek, bu konularda görüş oluşturmak yurtdışı ve yurtiçi faaliyetleri yürütmek,
Gümrük müsteşarlığı dış ticaret ile ilgili ülkeler üstü kuruluşların almış olduğu kararları takip etmek ve etkinliğini uluslar arası düzeyde devam ettirebilmek için bu kararlara yardımcı olmaya çalışmalıdır.

j) Çeşitli kanunlarla Müsteşarlığa verilen görevleri yapmak,

k) Bu görevleri yerine getirecek meslek memurlarını yetiştirmek ve konudaki düzenlemeleri yapmak,
Gümrük işlemleri ve mevzuatı fazla olduğundan bünyesinde çalışan personelin bu noktalarda eğitilmesi ve güncellenen kanunlar konusunda çalışanların bilgilendirmesini de yapmalıdır.

l) Yukarıdaki görevlerin uygulanmasını takip etmek, değerlendirmek, incelemek ve denetlemek.